История школы начинается с 1909 года, До 1909 года в селе Прудки было грамотных 7-10 человек. В 1909 году была построена земская школа, которая давала знания в объеме начальной школы. Занятия в школе начались в 1910 году. Училось в то время 70 человек, но с течением времени большая часть из обучающихся отсеялась. В 1914 году выпускные экзамены сдали только 4 человека.
С 1910 по 1911 год в школе преподавала только одна учительница, с 1912 года и до весны 1914 года в школе работали уже две учительницы.
Две учительницы и священник составляли всю интеллигенцию села.
Занятия в школе начинались с 8 часов утра и длились до 5 часов вечера. В школе учились дети села, за обучение ничего не платили. Учебные пособия (ручки, бумага) были казенные, приобретенные за счет средств земства. Курс обучения был рассчитан на четыре года.
Начальная школа в Прудках была до 1964 года, а в сентябре 1964 года открылась Прудковская восьмилетняя школа. Здесь обучалось до 100 детей.
В 1974 году построена новая двухэтажная школа. В разное время её руководителями были Буздалин, Н.И. Мурашко, И.Я. Веретенников, Д.А. Селезнёв, П.Н. Поданёв, Шишкин П.А, Шишкин П.А. С 2003 года педагогический коллектив возглавляет Пчельникова Т.В. В 2006 году в школе был сделан капитальный ремонт.С 2016 года педагогический коллектив возглавляет Антонов Ю.Н